AT5G21030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PAZ domain-containing protein / piwi domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PAZ domain-containing protein / piwi domain-containing protein; FUNCTIONS IN: nucleic acid binding; EXPRESSED IN: egg cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Domain of unknown function DUF1785 (InterPro:IPR014811), Stem cell self-renewal protein Piwi (InterPro:IPR003165), Argonaute/Dicer protein, PAZ (InterPro:IPR003100), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Argonaute family protein (TAIR:AT5G21150.1); Has 1838 Blast hits to 1796 proteins in 202 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 963; Fungi - 280; Plants - 458; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 135 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7139892..7144272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95512.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 850 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTTLPPPQH MEREPLKSKS SLLPMTRRGN GSKGQKILLL TNHFRVNFRK PNSHNFFHYS VTITYEDGSP LLAKGFGRKI LEKVQQTCQA DLGCKHFAYD 101: GDKNLYTVGP LPRSSLDFSV VLETAPSRRN ADKRLKLPHQ SKKFNVAILF APPEIPMEAI ANALQGKKTK HLLDAIRVMD CILSQNAARQ GCLLVRQSFF 201: HNDAKYFANI GEGVDCCKGF HSSFRTTQGG LSLNIDVSTA MIVKPGPVVD FLIANQGVND PFSINWKKAK NTLKNLRVKV LPSNQEYKIT GLSGLHCKDQ 301: TFTWKKRNQN REFEEVEITV SDYFTRIREI ELRYSGGLPC INVGKPNRPT YFPIELCELV SLQRYTKALT KFQRSNLIKE SRQNPQQRIG VLTRALKTSN 401: YNDDPMLQEC GVRIGSDFTQ VEGRVLPTPK LKAGKEQDIY PINGSWNFKN KPATVTRWAV VNFSARCDPQ KIIDDLTRCG KMKGINVDSP YHVVFEENPQ 501: FKDATGSVRV DKMFQHLQSI LGEVPPKFLL CILEKKNSDV YEKSCSMWNC ECIVPPQNLN DQYLTNLLLK INAKLGGLNS VLDMELSGTM PLVMRVPTII 601: IGMDVSHGSP GQSDHIPSIA AVVSSREWPL ISKYRACVRT QSPKVEMIDS LFKPVSDKDD QGIMRELLLD FHSSSGKKPN HIIIFRDGVS ESQFNQVLNI 701: ELDQMMQINH HTKFFQTESP NNVLPGTIID SNICHQHNND FYLCAHAGKI GTTRPTHYHV LYDEIGFDTD QLQELVHSLS YVYQRSTTAI SLVAPICYAH 801: LAAAQMATAM KFEDMSETSS SHGGITTAGA VPVPPMPKLN TNVASSMFFC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)