AT4G27420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: petal, leaf whorl, sepal, flower, egg cell; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT3G25620.2); Has 389492 Blast hits to 355855 proteins in 4126 species: Archae - 7031; Bacteria - 309319; Metazoa - 8330; Fungi - 6395; Plants - 5225; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 53185 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13712434..13714797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70757.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 638 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNQEVSMDV ETPIAKTNDD RSLPFSIFKK ANNPVTLKFE NLVYTVKLKD SQGCFGKNDK TEERTILKGL TGIVKPGEIL AMLGPSGSGK TSLLTALGGR 101: VGEGKGKLTG NISYNNKPLS KAVKRTTGFV TQDDALYPNL TVTETLVFTA LLRLPNSFKK QEKIKQAKAV MTELGLDRCK DTIIGGPFLR GVSGGERKRV 201: SIGQEILINP SLLFLDEPTS GLDSTTAQRI VSILWELARG GRTVVTTIHQ PSSRLFYMFD KLLLLSEGNP VYFGLGSNAM DYFASVGYSP LVERINPSDF 301: LLDIANGVGS DESQRPEAMK AALVAFYKTN LLDSVINEVK GQDDLCNKPR ESSRVATNTY GDWPTTWWQQ FCVLLKRGLK QRRHDSFSGM KVAQIFIVSF 401: LCGLLWWQTK ISRLQDQIGL LFFISSFWAF FPLFQQIFTF PQERAMLQKE RSSGMYRLSP YFLSRVVGDL PMELILPTCF LVITYWMAGL NHNLANFFVT 501: LLVLLVHVLV SGGLGLALGA LVMDQKSATT LGSVIMLTFL LAGGYYVQHV PVFISWIKYV SIGYYTYKLL ILGQYTANEL YPCGDNGKLR CHVGDFEGIK 601: HIGFNSGLVS ALALTAMLVV YRVIAYIALT RIGKTKSG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)