AT4G15720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mitochondrial editing factor 22 (TAIR:AT3G12770.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8949569..8951419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68658.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 616 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKKGFIQNVH LAPATSLFVP QYKNDFFHLK TKAFLVHKLS ESTNAAFTNL LHTLTLKLGF ASDTFTVNHL VISYVKLKEI NTARKLFDEM CEPNVVSWTS 101: VISGYNDMGK PQNALSMFQK MHEDRPVPPN EYTFASVFKA CSALAESRIG KNIHARLEIS GLRRNIVVSS SLVDMYGKCN DVETARRVFD SMIGYGRNVV 201: SWTSMITAYA QNARGHEAIE LFRSFNAALT SDRANQFMLA SVISACSSLG RLQWGKVAHG LVTRGGYESN TVVATSLLDM YAKCGSLSCA EKIFLRIRCH 301: SVISYTSMIM AKAKHGLGEA AVKLFDEMVA GRINPNYVTL LGVLHACSHS GLVNEGLEYL SLMAEKYGVV PDSRHYTCVV DMLGRFGRVD EAYELAKTIE 401: VGAEQGALLW GALLSAGRLH GRVEIVSEAS KRLIQSNQQV TSAYIALSNA YAVSGGWEDS ESLRLEMKRS GNVKERACSW IENKDSVYVF HAGDLSCDES 501: GEIERFLKDL EKRMKERGHR GSSSMITTSS SVFVDVDEEA KDEMVSLHCE RLALAYGLLH LPAGSTIRIM NNLRMCRDCH EAFKLISEIV EREIVVRDVN 601: RFHCFKNGSC TCRDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)