AT3G52020.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 39 (scpl39); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 40 (TAIR:AT3G63470.1); Has 3987 Blast hits to 3909 proteins in 492 species: Archae - 0; Bacteria - 509; Metazoa - 656; Fungi - 856; Plants - 1493; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 473 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19299309..19301076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56556.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 501 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGELQDWSVT TCLLLLLFQA SQIHCTSQTH VLNRLLYRSK RGFGSSVDTN HLNAIRHLSV SSPQNTSGVN QQEQKERDLI ENLPGQPSVS FRQYGGYVTV 101: NESAGRSLYY YFVEATKTKK SLPLVLWLNG GPGCSSLYGA FQELGPFRIY GDGKTLYTNP YSWNNVANIL FLESPVGTGF SYTNTESDLE NPGDMKAAAD 201: KYIFLVKWLE RFPEYKGREF YIAGESYAGH YVPQLAQTIL VHNKNQNFIN LRGILIGNPT LNDIVETTGS FDYLVSHALL SQDSLLSYKE NCATDTPKME 301: VDCIALSMKI DDDIKKMNLY NILTPTCINA TLTPLTNQSK ECTTVLQYEP CGMQYIAAYL NREDVQRSMH VTKLPHTWML CNEATGFNWN QTDYSASMLP 401: ILKELMKHDQ LRVWVYTGDT DTVIPLTVTM HALKMMNLTA VTDWLPWFSE GQVGGFTEEY KGNFRYATVI GAGHEVPLYK PKAALTLFKH FIRNSPLPLT 501: P |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)