AT3G28360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.820 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-glycoprotein 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-glycoprotein 16 (PGP16); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-glycoprotein 18 (TAIR:AT3G28390.1); Has 804178 Blast hits to 382236 proteins in 4142 species: Archae - 14262; Bacteria - 629589; Metazoa - 17108; Fungi - 11354; Plants - 9006; Viruses - 43; Other Eukaryotes - 122816 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10611071..10616301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 135924.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1228 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MKTWGSMRSI FMHADGVDWM LMGLGLIGAV GDGFITPILF FITAMLLNDF GSFSFNDETF MQPISKNALA MLYVACASWV ICFLEGYCWT RTGERQAAKM 0101: RERYLRAVLR QDVGYFDLHV TSTSDIITSV SSDSLVIQDF LSEKLPNILM NASAFVGSYI VGFMLLWRLT IVGFPFIILL LIPGLMYGRA LIGISRKIRE 0201: EYNEAGSIAE QAISSVRTVY AFVSEKKMIE KFSDALQGSV KLGLRQGLAK GIAIGSNGIV YAIWGFLTWY GSRMVMNYGY KGGTVSTVTV CVTFGGTALG 0301: QALSNLKYFS EAFVAGERIQ KMIKRVPDID SDNLNGHILE TIRGEVEFNN VKCKYPSRPE TLIFDDLCLK IPSGKTVALV GGSGSGKSTV ISLLQRFYDP 0401: NEGDILIDSV SINNMQVKWL RSQMGMVSQE PSLFATSIKE NILFGKEDAS FDEVVEAAKA SNAHNFISQF PHGYQTQVGE RGVHMSGGQK QRIAIARALI 0501: KSPIILLLDE ATSALDLESE RVVQEALDNA SVGRTTIVIA HRLSTIRNAD IICVLHNGCI VETGSHDKLM EIDGKYTSLV RLQQMKNEES CDNTSVGVKE 0601: GRVSSLRNDL DYNPRDLAHS MSSSIVTNLS DSIPQDKKPL VPSFKRLMAM NRPEWKHALC GCLSASLGGA VQPIYAYSSG LMISVFFLTN HEQIKENTRI 0701: YVLLFFGLAL FTFFTSISQQ YSFSYMGEYL TKRIREQMLS KILTFEVNWF DEEENSSGAI CSRLAKDANV VRSLVGERMS LLVQTISTVM VACTIGLVIA 0801: WRFTIVMISV QPVIIVCYYI QRVLLKNMSK KAIIAQDESS KLAAEAVSNI RTITTFSSQE RIMKLLERVQ EGPRRESARQ SWLAGIMLGT TQSLITCTSA 0901: LNFWYGGKLI ADGKMVSKAF FELFLIFKTT GRAIAEAGTM TTDLAKGSNS VDSVFTVLDR RTTIEPENPD GYILEKIKGQ ITFLNVDFAY PTRPNMVIFN 1001: NFSIEIHEGK STAIVGPSRS GKSTVIGLIE RFYDPLQGIV KIDGRDIRSY HLRSLRQHMS LVSQEPTLFA GTIRENIMYG RASNKIDESE IIEAGKTANA 1101: HEFITSLSDG YDTYCGDRGV QLSGGQKQRI AIARTILKNP SILLLDEATS ALDSQSERVV QDALEHVMVG KTSVVIAHRL STIQNCDTIA VLDKGKVVES 1201: GTHASLLAKG PTGSYFSLVS LQRKVRYV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)