AT3G12990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.906 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribonuclease PH45A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 3'-5' exoribonuclease, partially redundant with CER7. Involved in epicuticular wax biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribonuclease PH45A (RRP45a); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 (InterPro:IPR015847), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3'-5'-exoribonuclease family protein (TAIR:AT3G60500.3); Has 1192 Blast hits to 1192 proteins in 317 species: Archae - 241; Bacteria - 12; Metazoa - 352; Fungi - 188; Plants - 158; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 241 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4156345..4157842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33876.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 307 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGRLNNMWR LTVNESKFVE SALQSELRVD GRGLYDYRKL TIKFGKEYGS SQVQLGQTHV MAFVTAQLVQ PYKDRPSEGS FSIFTEFSPM ADPSFEPGHP 101: GESAVELGRI IDRALRESRA VDTESLCVLA GKLVWSVRID LHILDNGGNL VDAANVAALA ALMTFRRPDC TVGGDNSQDV IIHPPEEREP LPLIIHHLPI 201: AFTFGFFNKG SILVMDPTYV EEAVMCGRMT VTVNANGDIC AIQKPGEEGV NQSVILHCLR LASSRASATT KIIRDAVEAY NRERSSQKVK RHHTLAKSEV 301: LGPIVVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)