AT2G45040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.579 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Matrixin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Matrixin family protein; FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, metalloendopeptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis, metabolic process; LOCATED IN: anchored to membrane; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M10, metallopeptidase (InterPro:IPR001818), Peptidoglycan binding-like (InterPro:IPR002477), Peptidase M10A, matrix metallopeptidase (InterPro:IPR021190), Peptidase, metallopeptidase (InterPro:IPR006026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Matrixin family protein (TAIR:AT4G16640.1); Has 2623 Blast hits to 2423 proteins in 190 species: Archae - 2; Bacteria - 81; Metazoa - 2217; Fungi - 5; Plants - 182; Viruses - 44; Other Eukaryotes - 92 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18577693..18578721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38507.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 342 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHHHHHPCNR KPFTTIFSFF LLYLNLHNQQ IIEARNPSQF TTNPSPDVSI PEIKRHLQQY GYLPQNKESD DVSFEQALVR YQKNLGLPIT GKPDSDTLSQ 101: ILLPRCGFPD DVEPKTAPFH TGKKYVYFPG RPRWTRDVPL KLTYAFSQEN LTPYLAPTDI RRVFRRAFGK WASVIPVSFI ETEDYVIADI KIGFFNGDHG 201: DGEPFDGVLG VLAHTFSPEN GRLHLDKAET WAVDFDEEKS SVAVDLESVA VHEIGHVLGL GHSSVKDAAM YPTLKPRSKK VNLNMDDVVG VQSLYGTNPN 301: FTLNSLLASE TSTNLADGSR IRSQGMIYST LSTVIALCFL NW |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)