AT2G36710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectin lyase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pectin lyase-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT2G36700.1); Has 6628 Blast hits to 4257 proteins in 552 species: Archae - 11; Bacteria - 922; Metazoa - 2127; Fungi - 511; Plants - 1794; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 1246 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15389614..15391200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44975.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 407 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPIKPVLTTL IALLSIILAL YTIQLPSSRS LSSIATTIGA LAKYSTFFGH KHHHHHHHHH HHHHYHHHEP IKCCEKWTSR LRHQYKTSLV LTVDLHGCGN 101: FSNVQSAIDV VPDLSSSKTL IIVNSGSYRE KVTVNENKTN LVIQGRGYQN TSIEWNDTAK SAGNTADSFS FVVFAANFTA YNISFKNNAP EPDPGEADAQ 201: AVALRIEGDQ AAFYGCGFYG AQDTLLDDKG RHFFKECFIQ GSIDFIFGNG RSLYQDCTIN SIAKGNTSGV TGSITAQGRQ SEDEQSGFSF VNCKIDGSGE 301: ILLGRAWGAY ATVVFSNTYM SGIITPEGWN NWGDSTKEKT VTFGEHKCYG PGADYKERVL FGKQLTDSEA SSFIDVSFID GDEWLRHTNI VSEHTSKDIG 401: DDLIGFY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)