AT1G31430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.480 cytosol 0.409 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SLOW GROWTH 1 (TAIR:AT2G22410.1); Has 41733 Blast hits to 13930 proteins in 242 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 58; Fungi - 74; Plants - 41075; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 515 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11254025..11255737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63764.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 570 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNMSLLQTPS LLMYNKMLKS LADGKSFTKV LALFGELRGQ GLYPDNFTLP VVLKSIGRLR KVIEGEKVHG YAVKAGLEFD SYVSNSLMGM YASLGKIEIT 101: HKVFDEMPQR DVVSWNGLIS SYVGNGRFED AIGVFKRMSQ ESNLKFDEGT IVSTLSACSA LKNLEIGERI YRFVVTEFEM SVRIGNALVD MFCKCGCLDK 201: ARAVFDSMRD KNVKCWTSMV FGYVSTGRID EARVLFERSP VKDVVLWTAM MNGYVQFNRF DEALELFRCM QTAGIRPDNF VLVSLLTGCA QTGALEQGKW 301: IHGYINENRV TVDKVVGTAL VDMYAKCGCI ETALEVFYEI KERDTASWTS LIYGLAMNGM SGRALDLYYE MENVGVRLDA ITFVAVLTAC NHGGFVAEGR 401: KIFHSMTERH NVQPKSEHCS CLIDLLCRAG LLDEAEELID KMRGESDETL VPVYCSLLSA ARNYGNVKIA ERVAEKLEKV EVSDSSAHTL LASVYASANR 501: WEDVTNVRRK MKDLGIRKFP GCSSIEIDGV GHEFIVGDDL LSHPKMDEIN SMLHQTTNLM LDLEHKEIDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)