AT1G08100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.733 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nitrate transporter 2.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a high-affinity nitrate transporter. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nitrate transporter 2.2 (NRT2.2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major facilitator superfamily MFS-1 (InterPro:IPR011701), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nitrate transporter 2:1 (TAIR:AT1G08090.1); Has 5331 Blast hits to 5172 proteins in 1398 species: Archae - 41; Bacteria - 4556; Metazoa - 25; Fungi - 295; Plants - 255; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 159 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2527268..2529078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56618.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 522 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSTDEPGSS MHGVTGREQS YAFSVDGSEP TNTKKKYNLP VDAEDKATVF KLFSFAKPHM RTFHLSWISF STCFVSTFAA APLIPIIREN LNLTKHDIGN 101: AGVASVSGSI FSRLVMGAVC DLLGPRYGCA FLVMLSAPTV FSMSFVSDAA GFITVRFMIG FCLATFVSCQ YWMSTMFNSQ IIGLVNGTAA GWGNMGGGIT 201: QLLMPIVYEI IRRCGSTAFT AWRIAFFVPG WLHIIMGILV LTLGQDLPGG NRAAMEKAGE VAKDKFGKIL WYAVTNYRTW IFVLLYGYSM GVELSTDNVI 301: AEYFFDRFHL KLHTAGIIAA CFGMANFFAR PAGGWASDIA AKRFGMRGRL WTLWIIQTSG GLFCVWLGRA NTLVTAVVSM VLFSLGAQAA CGATFAIVPF 401: VSRRALGIIS GLTGAGGNFG SGLTQLVFFS TSRFTTEEGL TWMGVMIVAC TLPVTLIHFP QWGSMFFPPS NDSVDATEHY YVGEYSKEEQ QIGMHLKSKL 501: FADGAKTEGG SSVHKGNATN NA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)