ATCG01230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein S12B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
chloroplast gene encoding ribosomal protein s12. The gene is located in three distinct loci on the chloroplast genome and is transpliced to make one transcript. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein S12B (RPS12B); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S12/S23 (InterPro:IPR006032), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Ribosomal protein S12, bacterial-type (InterPro:IPR005679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein S12C (TAIR:ATCG00905.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:+:139856..140650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13765.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 123 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPTIKQLIRN TRQPIRNVTK SPALRGCPQR RGTCTRVYTI TPKKPNSALR KVARVRLTSG FEITAYIPGI GHNLQEHSVV LVRGGRVKDL PGVRYHIVRG 101: TLDAVGVKDR QQGRSKYGVK KPK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)