ATCG01110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)H dehydrogenase subunit H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the 49KDa plastid NAD(P)H dehydrogenase subunit H protein. Its transcription is regulated by an ndhF-specific plastid sigma factor, SIG4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NAD(P)H dehydrogenase subunit H (NDHH); FUNCTIONS IN: NADPH dehydrogenase activity; INVOLVED IN: photosynthetic electron transport in photosystem II; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NADH-quinone oxidoreductase, subunit D (InterPro:IPR001135), NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site (InterPro:IPR014029); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NADH dehydrogenase subunit 7 (TAIR:ATMG00510.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:-:122011..123192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45505.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRPVTGKDL MIVNMGPHHP SMHGVLRLIV TLDGEDVVDC EPILGYLHRG MEKIAENRAI IQYLPYVTRW DYLATMFTEA ITVNGPEQLG NIQVPKRASY 101: IRVIMLELSR IASHLLWLGP FMADIGAQTP FFYIFREREF VYDLFEAATG MRMMHNFFRI GGIAADLPYG WIDKCLDFCD YFLTEVVEYQ KLITRNPIFL 201: ERVEGVGIIG GEEAINWGLS GPMLRASGIP WDLRKIDRYE SYDEFEWEIQ WQKQGDSLAR YLVRLSEMTE SIKIIQQALE GLPGGPYENL ESRGFDRKRN 301: PEWNDFEYRF ISKKPSPTFE LSKQELYVRV EAPKGELGIF LIGDQSGFPW RWKIRPPGFI NLQILPELVK RMKLADIMTI LGSIDIIMGE VDR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)