ATCG01010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Chloroplast encoded NADH dehydrogenase unit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NDHF; FUNCTIONS IN: NADH dehydrogenase activity; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal (InterPro:IPR002128), NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 (InterPro:IPR003945), NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup (InterPro:IPR018393), NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase (InterPro:IPR001750), NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 5/L, N-terminal (InterPro:IPR001516); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NADH dehydrogenase 5B (TAIR:ATMG00665.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:-:110398..112638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85243.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 746 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEHTYQYSWI IPFIPLPVPI LLGVGLLLFP TATKNLRRMW TFLSIFLLSI VMIFSIYLSI QQIFLSCIHQ NVWSWTINNE FSFEFGYFID PLTSIMSILI 101: TTVGILVLIY SDNYMSHDQG YLRFFAYMGF FNTSMLGLVT SSNLIQVYFF WELVGMCSYL LIGFWFTRPI AANACQKAFV TNRVGDFGLL LGILGLYWIT 201: GSFEFQDLFE IFNNLILNNR VNLLFLTLCA FLLFVGPIAK SAQFPLHVWL PDAMEGPTPI SALIHAATMV AAGIFLVARL LPLFIVIPSI MYIISLIGII 301: TVLLGATLAL AQKDIKRGLA YSTMSQLGYM MLALGMGSYR SALFHLITHA YSKALLFLGS GSIIHSMEAI VGYSPDKSQN MILMGGLTKH VPITKTAFLI 401: GTLSLCGIPP LACFWSKDEI LNDSLLFSPI FAIIACSTAG LTAFYMFRIY LLTFEGHLNT YFLNYSGKKS GSFYSLSLWG KEEEKKLNKN FGLVPLLTMN 501: NTKRASFFCN KTYKISNNVR NQIFITVENF GLNTRTFYYP HESDNTILFP MLILVLFTLF IGAIGIPFNQ EGIDFDILSK FFTPSINLLH KNSQNFVDWY 601: EFLRNATFSV SIAFFGIFIA YCLYKPFYSS LLNLTLLNSF QKWNSKRIHW EKLINFVYNW SYNRGYIDSF FKTSLIESIR RLAKQTTFFD KRIIDGITNG 701: VGITSFFVGE VTKYIGGSRI SSYLFLYLSY VLIFLMILFF FYFEKF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)