ATCG00790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
chloroplast gene encoding a ribosomal protein L16, which is a constituent of 50S large ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L16 (RPL16); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: plastid large ribosomal subunit, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L16 (InterPro:IPR000114), Ribosomal protein L10e/L16 (InterPro:IPR016180), Ribosomal protein L16, conserved site (InterPro:IPR020798); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PLANT U-BOX 12 (TAIR:AT2G28830.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:-:81189..82652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15295.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 135 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSPKRTRFR KQHRGRLKGI SSRGNRICFG RYALQTLEPA WITSRQIEAG RRAMTRNVRR GGKIWVRIFP DKPVTVRPAE TRMGSGKGSP EYWVAVVKPG 101: KILYEMGGVP ENIARKAISI AASKMPIKTQ FIISE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)