ATCG00360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein required for photosystem I assembly and stability. In Chlamydomonas reinhardtii, this protein seems to act as a PSI specific chaperone facilitating the assembly of the complex by interacting with PsaA and PsaD. A loss of function mutation in tobacco leads to a loss of photosystem I. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
YCF3; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT3G11540.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:-:42584..43751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14747.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 126 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAQSEGNYA EALQNYYEAM RLEIDPYDRS YILYNIGLIH TSNGEHTKAL EYYFRALERN PFLPQAFNNM AVICHYRGEQ AIQQGDSEMA EAWFAQAAEY 101: WKQAITLTPG NYIEAQNWLT ITRRFE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)