AT5G67240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : small RNA degrading nuclease 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
small RNA degrading nuclease 3 (SDN3); FUNCTIONS IN: exonuclease activity, nucleic acid binding; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exonuclease (InterPro:IPR006055), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337), Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III (InterPro:IPR013520); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: small RNA degrading nuclease 1 (TAIR:AT3G50100.1); Has 2616 Blast hits to 2408 proteins in 300 species: Archae - 3; Bacteria - 109; Metazoa - 996; Fungi - 649; Plants - 362; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 497 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26824454..26828098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87469.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 782 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEHKLATAEK KLLVDLVKLV QKRGLEGENG GWKEFLNVYD KKLGSSLSDP ARRSNDVLVA FLLTFKKKED LQLIARVMQC GANRELIEKF KQETPDKETP 101: EQRLVRLTIT HDDYPGNYTF PSYAEDWYVT ELGKKKSKVI KSTRMLSIDC EMVTCEDGSQ ALVRVGAVDR DLKVVLDKFV KPDKPVIDYK TDITGVTAED 201: LERATLSVAD IQKKLRRFLS VGTILVGHGL HNDLQVLRID HARVIDTSYV FEFVDAPKTQ RPSLNNLCKS VLGQEVRMDG AAHNCVHDAA AAMKLVLAAV 301: EKGAATLIQP TEEMMVAEKR RQEARQEAGK AQLFLHKIPH DVPSEELHGV LSGNFTLVVK PPKTGGYSTA VVDFSSPEEA NEAFENVEGD VAKDKSGLPQ 401: KKAVLKLSSG LAVSLFVRKM VQDDSPCEIS TSERARAEEN NVSSKRQKTE DETEETKEAT VNQREADKTK LFLHKIPHDV PSQELHGVLN GDFTLDVKPP 501: KRKGGYYNAV VDFNSPEEAN EAFENVEGDV VKDKTGLPQK MVVFKLSSGS GVSLYVRKMV HDDSPGEIST TKRARTEESN MSSKRQKTED ESEETKEANA 601: KQREADKTKL LLHKIPLNVP SQELKVVITG QFTLEVMPPK RKGRYYNAVV TFNSPEEANK AFEKVKGEAV KEKGGLAQKM VAFKLSSGSG ACLYVRKMVQ 701: DESEETKEAN ANHCEDDHLK EMEELKEKLK AMEFAISCEG HSKEIEELKQ KLNAKEHQIQ AQDKIIANLK MKLEKKQSKS RS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)