AT5G66520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT5G06540.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26551879..26553741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70719.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 620 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNVISCSFSL EHNLYETMSC LQRCSKQEEL KQIHARMLKT GLMQDSYAIT KFLSFCISST SSDFLPYAQI VFDGFDRPDT FLWNLMIRGF SCSDEPERSL 101: LLYQRMLCSS APHNAYTFPS LLKACSNLSA FEETTQIHAQ ITKLGYENDV YAVNSLINSY AVTGNFKLAH LLFDRIPEPD DVSWNSVIKG YVKAGKMDIA 201: LTLFRKMAEK NAISWTTMIS GYVQADMNKE ALQLFHEMQN SDVEPDNVSL ANALSACAQL GALEQGKWIH SYLNKTRIRM DSVLGCVLID MYAKCGEMEE 301: ALEVFKNIKK KSVQAWTALI SGYAYHGHGR EAISKFMEMQ KMGIKPNVIT FTAVLTACSY TGLVEEGKLI FYSMERDYNL KPTIEHYGCI VDLLGRAGLL 401: DEAKRFIQEM PLKPNAVIWG ALLKACRIHK NIELGEEIGE ILIAIDPYHG GRYVHKANIH AMDKKWDKAA ETRRLMKEQG VAKVPGCSTI SLEGTTHEFL 501: AGDRSHPEIE KIQSKWRIMR RKLEENGYVP ELEEMLLDLV DDDEREAIVH QHSEKLAITY GLIKTKPGTI IRIMKNLRVC KDCHKVTKLI SKIYKRDIVM 601: RDRTRFHHFR DGKCSCGDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)