AT5G66470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA binding;GTP binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA binding;GTP binding; FUNCTIONS IN: RNA binding, GTP binding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, type 2 (InterPro:IPR004044), K Homology, prokaryotic type (InterPro:IPR009019), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), GTP1/OBG (InterPro:IPR006073), GTP-binding protein Era (InterPro:IPR005662), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), K homology-like, alpha/beta (InterPro:IPR015946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding family protein (TAIR:AT1G30960.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26541986..26544302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48934.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 427 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSPHISPT LSRYKFFSTS VVENPNFSPY RIYSRRRVTK SHLQAHNSTT SYGRTELSSS KKLWIRQRSF SEMEVEQAQL EDDEEQVEID IVDEASLLSL 101: SMKPDRNMAL LDDYEMEELG HTPNTHHRSG YVAVVGMPNV GKSTLSNQMI GQKISIVTDK PQTTRHRILG ICSSPEYQMI LYDTPGVIEK KMHRLDTMMM 201: KNVRDAAINA DCVVILVDAC KTPTNIEEVL KEGLGDLEKK PPMLLVMNKK DLIKPGEIAK KLEWYEKFTD VDEVIPVSAK YGHGIEDVKE WILSKLPFGP 301: PYYPKDIVSE HPERFFVSEI VREKIFMQYR NEVPYACQVN VLSYKTRPAA KDFIQVEVVV DKNSQKIILI GKEGKALKTL ATAARLDIED FLQKKVFLEV 401: EVKVKENWRQ DEGLLKYYGY GGQIRAM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)