AT5G65165.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : succinate dehydrogenase 2-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of three isoforms of the iron-sulfur component of the succinate dehydrogenase complex, a component of the mitochondrial respiratory chain complex II. The product of the nuclear encoded gene is imported into the mitochondrion. Transcripts appear during seed maturation, persist through dessication, are abundant in dry seeds, and markedly decline during germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
succinate dehydrogenase 2-3 (SDH2-3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin (InterPro:IPR001041), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675), Fumarate reductase, C-terminal (InterPro:IPR012285), 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site (InterPro:IPR006058), 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulpur binding domain (InterPro:IPR017896), 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site (InterPro:IPR017900), Alpha-helical ferredoxin (InterPro:IPR009051), Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein (InterPro:IPR004489); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: succinate dehydrogenase 2-2 (TAIR:AT5G40650.1); Has 8948 Blast hits to 8944 proteins in 2136 species: Archae - 163; Bacteria - 5307; Metazoa - 268; Fungi - 171; Plants - 148; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2891 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26034515..26035922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34985.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 309 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSVLRLLGR RICNPAAEKV RLSSSLSGGG DFPILNGHKA AQDLSKDTLK SQDITKEKEG QHKEVKKEFK IYRWNPDKPN SKPFLQSFFV DLSSCGPMVL 101: DVLQKIKAED DASLSYRRSC REGICGSCSM NIDGTNTVAC LKPINPNTSK PTIITPLPHM YVIKDLVVDL TNFYQQYKSM EPWLKTRKPP KDGREHRQSP 201: KDRKKLDGLY ECILCACCTT SCPSYWWNPE EFPGPAALLQ AYRWISDSRD EYREERLQAI TESETKVYRC RAIKNCTATC PKGLNPASAI LKMKSKHLLS 301: DPLVRTESV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)