AT5G63750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 13 (ARI13); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: IBR domain-containing protein (TAIR:AT5G63730.1); Has 1670 Blast hits to 1662 proteins in 206 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 716; Fungi - 141; Plants - 537; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25513038..25514729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61607.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 536 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENNREGPYS VLTRDQLKGN MKKQIAEISE IFSLSKPDAT VLLMFLRWDS HEVSEFLVEN NEKVLSESGL KPVVVDPNQD LYKISSCGIC FKTCDDGDYL 101: ISTPFCSHMF CKSCWRKYLE KNFYLVEKTQ TRISCPHGAC QAAVGPDTIQ KLTVCDQEMY VEYILRSYIE GNKVLEIKYC PAQDCNYVIE FHQKNHDGAD 201: QEDYGFNVVC LCGHIFCWRC MLESHKPVTC NNASDWLFRD LNSLSKESGE KPLSLSSFET REKTYPLSSI KATKKVCPHC LRPADLGTKQ YLRFLTCACN 301: GRFCWKCMQP EEAHKTESGF YKFCNVSMTF EGRAPKTLEG RAEPENSCVG LWKASEVSLK QAKSDLQAFE ESNIKNPSDL TEKDFTIIRK GLMLIVQCRQ 401: VLKWSCVYDY LHAEYEMSKR EYLRFLQADA TSLVESFSKT LNEEIGRASS ATYENFCCVK HKVTIETSNI GNYFYHFIKT LQEGLDDVKV KSYDDYGGLF 501: WLCDRCTYGN TWFHKECLMC SDDIAARVDL SDMSLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)