AT5G61750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RmlC-like cupins superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RmlC-like cupins superfamily protein; FUNCTIONS IN: manganese ion binding, nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: inflorescence meristem, hypocotyl, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), Germin (InterPro:IPR001929), Germin, manganese binding site (InterPro:IPR019780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT5G39180.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24812804..24813436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22891.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFFVVIVFC AIFLSVSGDS DNMQDTCPTA PGEQSIFFIN GYPCKNPTKI TAQDFKSTKL TEAGDTDNYL QSNVTLLTAL EFPGLNTLGL SVSRTDLERD 101: GSVPFHSHPR SSEMLFVVKG VVFAGFVDTN NKIFQTVLQK GDVFVFPKGL LHFCLSGGFE PATAFSFYNS QNPGVVNIGE VFGIDQEHIK IMTRCLATGS 201: GCRVTDGDEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)