AT5G61070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase of the RPD3/HDA1 superfamily 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to histone deacetylases, a class of chromatin remodeling factors which act on H3/H4 histones. Expressed in roots where it appears to regulate the expression of epidermal cell fate genes controlling hair cell differentiation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase of the RPD3/HDA1 superfamily 18 (HDA18); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone deacetylase superfamily (InterPro:IPR000286); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 5 (TAIR:AT5G61060.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24571297..24574372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76638.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 682 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLLKFEASSE LRLVDPSVSL TVLRKIRLSH LPDMTMTSES SGKKCGEGDG KVAGKSQRKV GLVYDETMCK HDTPNGKVDV ECPDRIRVIW EKLQLAGVTQ 101: RCVVLGGSKA EDKHLKLVHT KKHVNLVKSI STKKKDSRRN KIASQLDSIY LNGGSSEAAY LAAGSVVKVA EKVAEGELDC GFAIVRPPGH HAESDEAMGF 201: CLFNNVAVAA SFLLNERPDL DVKKILIVDW DIHHGNGTQK MFWKDSRVLI FSVHRHDHGS FYPFGDDGDF NMVGEGPGEG FNINVPWEQG GCGDADYLAV 301: WNHILIPVTK EFKPDIILLS AGFDAAIGDP LGGCCVTPYG YSVMLKKLME FAHGKIVLAL EGGYNLESLG KSSLACVQVL LEDKQIHGSS ETYPLESTRR 401: VIQAVRERLC TYWPSLDASM ASNENLKNPS AERNSADALL REVEELKSLM AARDGELEAR RKELKAKNKE LEANEKELEA GLMLIRARED VICGLHAKIE 501: SLQQERDEAV AKAERIDKEL QEDRARSQEF KEDTEFCLST LRREKELAIM AKNKDLEAKE KELEARLMLV HAREDKIHAK IERLQQERDE AVAKAERIDK 601: ELQEDRSRSR VGNGSFAFSQ EFYEDMDLDE LEPLSPEFNE DMDSEELEPF QVIKKNMERS HKKFIKDMEC IKFIASERAR VL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)