AT5G59200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
onion epidermal cell layer (mitochondrial marker)
onion epidermal cell layer (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast RNA editing factor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ORGANELLE TRANSCRIPT PROCESSING 80 (OTP80); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT4G37380.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23888793..23890427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61359.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 544 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MISSLAAITG GPSTFRRDPD SNTLRLSRRK TLISVLRSCK NIAHVPSIHA KIIRTFHDQD AFVVFELIRV CSTLDSVDYA YDVFSYVSNP NVYLYTAMID 101: GFVSSGRSAD GVSLYHRMIH NSVLPDNYVI TSVLKACDLK VCREIHAQVL KLGFGSSRSV GLKMMEIYGK SGELVNAKKM FDEMPDRDHV AATVMINCYS 201: ECGFIKEALE LFQDVKIKDT VCWTAMIDGL VRNKEMNKAL ELFREMQMEN VSANEFTAVC VLSACSDLGA LELGRWVHSF VENQRMELSN FVGNALINMY 301: SRCGDINEAR RVFRVMRDKD VISYNTMISG LAMHGASVEA INEFRDMVNR GFRPNQVTLV ALLNACSHGG LLDIGLEVFN SMKRVFNVEP QIEHYGCIVD 401: LLGRVGRLEE AYRFIENIPI EPDHIMLGTL LSACKIHGNM ELGEKIAKRL FESENPDSGT YVLLSNLYAS SGKWKESTEI RESMRDSGIE KEPGCSTIEV 501: DNQIHEFLVG DIAHPHKEAI YQRLQELNRI LRFKENQIDI IMGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)