AT5G59030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : copper transporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a putative copper transport protein that contains copper-binding motif and functionally complements in copper-transport defective yeast strains | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
copper transporter 1 (COPT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ctr copper transporter (InterPro:IPR007274); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ctr copper transporter family (TAIR:AT2G26975.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23833945..23834457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18400.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 170 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDHDHMHGMP RPSSSSSSSP SSMMNNGSMN EGGGHHHMKM MMHMTFFWGK NTEVLFSGWP GTSSGMYALC LIFVFFLAVL TEWLAHSSLL RGSTGDSANR 101: AAGLIQTAVY TLRIGLAYLV MLAVMSFNAG VFLVALAGHA VGFMLFGSQT FRNTSDDRKT NYVPPSGCAC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)