AT5G58910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.602 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 16 (LAC16); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: apoplast; EXPRESSED IN: hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Laccase (InterPro:IPR017761), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Laccase/Diphenol oxidase family protein (TAIR:AT2G38080.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23789522..23791681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57204.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTNTTKLCSS KPIVTVNGQF PGPTIVAREG DTILIKVVNH VKYNVSIHWT GWADGPAYIT QCPIQPGQNY LHNFTLTGQR GTLWWHAHIL WLRATVHGAI 101: VILPKLGVPY PFPKPYKEKT IVLSEWWKSD VEELINEASR IGTAPSASDA HTINGHSGSI SNCPSQSSYG LPVRAGKTYM LRIINAALNE ELFFKIAGHV 201: LTVVEVDAVY TKPYKTDTVF IAPGQTTNVL LTANANAGSN YMVAATTFTD AHIPYDNVTA TATLHYIGHT STVSTSKKTV LASLPPQNAT WVATKFTRSL 301: RSLNSLEYPA RVPTTVEHSL FFTVGLGANP CQSCNNGVRL VAGINNVTFT MPKTALLQAH FFNISGVFTD DFPAKPSNPY DYTAPVKLGV NAATMKGTKL 401: YRLPYNATVQ IVLQNTAMIL SDNHPFHLHG FNFFEVGRGL GNFNPEKDPK AFNLVDPVER NTVGVPAGGW TAIRFIADNP GVWFMHCHLE LHTTWGLKMA 501: FVVDNGHGPD QSLLPPPADL PKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)