AT5G58330.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.969 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lactate/malate dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
lactate/malate dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: thylakoid, mitochondrion, apoplast, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Malate dehydrogenase, NAD/NADP (InterPro:IPR010945), Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), Malate dehydrogenase, NADP-dependent, plants (InterPro:IPR011273), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), Malate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR001252), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Lactate/malate dehydrogenase family protein (TAIR:AT5G56720.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23580010..23581751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36392.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MISNHLLFKL ASGEVFGPDQ PIALKLLGSE RSIQALEGVA MELEDSLFPL LREVDIGTDP NEVFQDVEWA ILIGAKPRGP GMERADLLDI NGQIFAEQGK 101: ALNKAASPNV KVLVVGNPCN TNALICLKNA PNIPAKNFHA LTRLDENRAK CQLALKAGVF YDKVSNMTIW GNHSTTQVPD FLNARINGLP VKEVITDHKW 201: LEEGFTESVQ KRGGLLIQKW GRSSAASTAV SIVDAIKSLV TPTPEGDWFS TGVYTDGNPY GIEEGLVFSM PCRSKGDGDY ELVKDVEIDD YLRQRIAKSE 301: AELLAEKRCV AHLTGEGIAY CDLGPVDTML PGEV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)