AT5G58080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : response regulator 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Response Regulator: B- Type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
response regulator 18 (RR18); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Response regulator, plant B-type (InterPro:IPR017053), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), CheY-like (InterPro:IPR011006), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Signal transduction response regulator, receiver domain (InterPro:IPR001789), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: response regulator 12 (TAIR:AT2G25180.1); Has 83273 Blast hits to 82938 proteins in 2948 species: Archae - 359; Bacteria - 74242; Metazoa - 38; Fungi - 293; Plants - 2583; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 5756 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23501785..23504099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68519.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 618 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRVLAVDDNP TCLRKLEELL LRCKYHVTKT MESRKALEML RENSNMFDLV ISDVEMPDTD GFKLLEIGLE MDLPVIMLSA HSDYDSVMKG IIHGACDYLV 101: KPVGLKELQN IWHHVVKKNI KSYAKLLPPS ESDSVPSASR KRKDKVNDSG DEDDSDREED DGEGSEQDGD GSGTRKKPRV VWSQELHQKF VSAVQQLGLD 201: KAVPKKILDL MSIEGLTREN VASHLQKYRL YLKKIDEGQQ QNMTPDAFGT RDSSYFQMAQ LDGLRDFTAA RQIPSSGLLS RSHLTKLQPP MYSSINLQGM 301: NSSSFIQQGH HQNSSNSANP FGTYHSTLSP RIQNVNLFQR TSSPLEPLQF PRSKSYIGDF KGLGDRAIGG SFLDTCMPFG SSSTSLPSAS TNPLMLQANY 401: TQPLHIASDG IQPCIEGTPS NSASPNISFQ GLSRFPGHSW QGNLNTTRFP PSSLPLNLAF LPDQVTCAGN NLGDCTSLVS AENPGGEMQC DPQLLGGFMQ 501: NVNPLGGQKW EQQNCTMLNN PFGNIEYPLP ADNMVFRDNN STRSKGLDES LMNPIDNSQE YVGKATTMLD PEMKSGKPEN DNQHDVFDDI MNEMMKQEEN 601: NGMVPVATRF GFDSFPPP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)