AT5G57450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of X-ray repair cross complementing 3 (XRCC3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in homologous recombination and recombinational repair, mutants are sterile, hypersensitive to DNA crosslinking agents, show aberrant meiosis with extensive chromosome fragmentation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of X-ray repair cross complementing 3 (XRCC3) (XRCC3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA recombination/repair protein RecA/RadB, ATP-binding domain (InterPro:IPR020588), DNA recombination and repair protein, RecA-like (InterPro:IPR016467), DNA recombination and repair protein Rad51, C-terminal (InterPro:IPR013632); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAS associated with diabetes protein 51C (TAIR:AT2G45280.1); Has 2320 Blast hits to 2311 proteins in 507 species: Archae - 432; Bacteria - 4; Metazoa - 689; Fungi - 430; Plants - 393; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 372 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23274008..23274922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33733.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 304 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQNGKIKPEN LLRRSPTNRK LTTGCEILDG CLRGGISCDS LTEIVAESGC GKTQLCLQLS LCTQLPISHG GLNGSSLYLH SEFPFPFRRL HQLSHTFHQS 101: NPSIYANYND NPCDHVFVQN VHSVDHLFDI MPRIDGFVGN SKTRFPLKLI VLDSVAALFR SEFDNTPSDL KKRSSLFFKI SGKLKQLASK FDLAIVITNQ 201: VTDLVETSDG LSGLRIGNLR YLYSSGRRVV PSLGLAWANC VNSRFFISRS DGSIVKDRSE KDENCSSSVS RSAKRRLDIV FSPYLPGSSC EFMITREGIC 301: AVQA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)