AT5G56930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CCCH-type zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1789 (emb1789); FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); Has 4013 Blast hits to 1845 proteins in 273 species: Archae - 0; Bacteria - 114; Metazoa - 1017; Fungi - 647; Plants - 283; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1949 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23027949..23030565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73848.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 675 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESSVAPFPH RRTHLPNRNY RSLLYHFCSS FDREPQISLA TPAVLQELVL RTEIAQESPG ETCEPPENLS ITESKLNGVS GDSSGEKVET ISQEKSLMLG 101: DICDGIDLQD ASVVSRHTDF FDSFELMINE TQDSVPESCV NLFEALDVND YDIVQNVLEK PNIATQVQVD PVESEKKAEE VPKSVESNEV ISSGVLEACN 201: GTVQREMELE KPVDNSPVLV DSVSRIVGGD DVEEGEISGD DNDDMLVEDD ETVERHEEYQ VSQDGTGNSH LTSHKSFGVE VMNVDNQAKK IDQTFSNEAK 301: MDPGTSIKKR SAPSKDAKAR KRAKARIKRA QERIALGVKK LKLKPVAPKP KPIKYCRHYL KGRCHEGDKC KFSHDTIPET KCSPCCYFAT QSCMKGDDCP 401: FDHDLSKYPC NNFITKGFCY RGDSCLFSHK GTPQSASDTP SANVTVSSTK ITAASFSPQK TKKQSVRDAI AKLPAIQARV SSSVAFLKPS SHSNQRNSSD 501: ASSSKINEHV TPPQVPPLRK PSVAPKGMSF LSLDKTSQED TVKASSASKP NTDNSDSQTL KQSQQGSFLP LGPPKGISFL SFASEEQKTL NREPQKPASS 601: KNLKTTPSSH IQSSLLSAMK LAAEFESAKV ERGNNDPTEA VNKSNVTVDT AVTRNSGNIS SKILEFLSSF SHGKN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)