AT5G56180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.998 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : actin-related protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to actin-related proteins (ARPs) in other organisms. Member of nuclear ARP family of genes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin-related protein 8 (ARP8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), Actin/actin-like (InterPro:IPR004000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin-11 (TAIR:AT3G12110.1); Has 10755 Blast hits to 10746 proteins in 2376 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 4699; Fungi - 2663; Plants - 1312; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2075 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22737539..22740986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52513.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 471 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MILKKVWGSV WNRSNSGKDL VNHQRAIDVP PLLLSSSSSL GAFDQLPMDI LVQILMMMEP KDAVKLGLTC KAWKCVASGN RLWIFYLQCS QEPWDSIFFA 101: ETSLRSGYPL RMISSQSGEL SFMHIYSQRA QVPGSIIIDG GSGYCKFGWS KYASPSGRSA TFLEFGNIES PIYARLQQFF ATIFTRMQVK PSMQPIVVSL 201: PLCHFDDTES AKASRRQLKT AIFNVLFDMN VPAVCAVNQA VLALYAARRT SGIVVNIGFQ VITILPILHG KVMRQVGVEV IGFGALKLTG FLKEKMQENN 301: ISFQSLYTVR TLKEKLCYVA LDYKAELSKD TQASVEVSGE GWFTLSKERF QTGEILFQPR LAGMRAMSLH QAVSLCMDHC DAAGLTGDDS WFKTVVLTGG 401: SACLPGLSER LERELQDHLP SSISNGIRVI PPPYGVDTSW HGAKLISNLS IFPGPWCITR KQFRRKSRLM W |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)