AT5G55080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.555 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ras-related nuclear protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A member of RAN GTPase gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ras-related nuclear protein 4 (RAN4); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, signal transduction, nucleocytoplasmic transport; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.10 ten leaves visible, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran GTPase (InterPro:IPR002041), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras (InterPro:IPR013753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAN GTPase 3 (TAIR:AT5G55190.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22351576..22353058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25595.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALPNQQNVD LPTFKLLIVG DGGTGKTTFL KRHLTGEFEH NTEPTLGVDI YPLDFFTNRG KIRFECWDTA GQEKYSGLKD AYYIHGQCAI IMFDVTARHT 101: YMNIDRWYRD LRRVCKNIPI VLCGNKVDVP SRQIKPKHVS YHRKKCLQYY EMSAKNNCNF EKPFLYLARR IAGDAKLSFV ESPEAQIDNL DVESLQLLTV 201: EAGTQPLLMT RISFEFNTLS IE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)