AT5G54960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.931 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyruvate decarboxylase-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
pyruvate decarboxylase-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyruvate decarboxylase-2 (PDC2); FUNCTIONS IN: pyruvate decarboxylase activity, magnesium ion binding, carboxy-lyase activity, thiamin pyrophosphate binding, catalytic activity; INVOLVED IN: response to hypoxia; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain (InterPro:IPR012000), Pyruvate decarboxylase/indolepyruvate decarboxylase (InterPro:IPR012110), Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain (InterPro:IPR012001), Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding (InterPro:IPR011766); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein (TAIR:AT4G33070.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22310858..22312681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65821.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 607 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTKIGSIDA CNPTNHDIGG PPNGGVSTVQ NTSPLHSTTV SPCDATLGRY LARRLVEIGV TDVFSVPGDF NLTLLDHLIA EPNLKLIGCC NELNAGYAAD 101: GYARSRGVGA CVVTFTVGGL SVLNAIAGAY SENLPLICIV GGPNSNDYGT NRILHHTIGL PDFTQELRCF QAVTCFQAVI NNLEEAHELI DTAISTALKE 201: SKPVYISISC NLPAIPLPTF SRHPVPFMLP MKVSNQIGLD AAVEAAAEFL NKAVKPVLVG GPKMRVAKAA DAFVELADAS GYGLAVMPSA KGQVPEHHKH 301: FIGTYWGAVS TAFCAEIVES ADAYLFAGPI FNDYSSVGYS LLLKKEKAII VQPDRVTIGN GPAFGCVLMK DFLSELAKRI KHNNTSYENY HRIYVPEGKP 401: LRDNPNESLR VNVLFQHIQN MLSSESAVLA ETGDSWFNCQ KLKLPEGCGY EFQMQYGSIG WSVGATLGYA QAMPNRRVIA CIGDGSFQVT AQDVSTMIRC 501: GQKTIIFLIN NGGYTIEVEI HDGPYNVIKN WNYTAFVEAI HNGEGKCWTA KVRCEEELVK AINTATNEEK ESFCFIEVIV HKDDTSKELL EWGSRVSAAN 601: SRPPNPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)