AT5G54750.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Transport protein particle (TRAPP) component | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Transport protein particle (TRAPP) component; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transport protein particle (TRAPP) component (InterPro:IPR007194), TRAPP I complex, Bet3 (InterPro:IPR016721); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22242080..22243477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20760.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 186 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPVGPRSGD AIFSSIDRVN AELFTLTYGA IVRQLLTDLE EVEEVNKQLD QMGYNIGIRL IDEFLAKSGV SRCVDFKETA EMIAKVGFKM FLGVTASVTS 101: WDSDGTCCSI ILEDNPLVDF VELPDTCQGL YYCNVLSGVI RGALEMVSMK TEVTWTRDVL RGDDAYELQV KLLKQVAEEY PYKDDE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)