AT5G54620.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.762 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ankyrin repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ankyrin repeat family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ankyrin (TAIR:AT5G54610.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22187761..22189746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48604.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 431 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRRLLWVTD SGNVDALYAL IHKDPYILQN IDVLPFVHTP LHEASSTGKT DLAMELMVLK PTFAKKLNSD GVSPLHLAVE NHQVQLALEL VKINPDLVLV 101: AGRKGMTPLH LVVKKGDANL LTEFLLACPE SIKDTNVNGE TALHIAVMND RYEELKVLTG WIHRLHKSDA ASTEIHVLNK RDRDGNTILH LAAYKNNHKA 201: FKELLKCISL NRDIQNKGGM TALDILRTNG SHMNIKTEKI IRHSGGKSGV SLSKVKTASV FLRSPITFVE YCSTTMTRYK NRMSDGTRNA LLVITALIIT 301: ATYQTAVQPQ DKDEIYYTGN IMINVLFVWG FNTIAFCLAI ALTFILLPVG KAYNWWYIFI SVPLVCSYAL SMFLKYIQFP ILCMPLYLMM AFILGFLIYV 401: FVLYVGWKRA KQEKVPEPKS ELTFEGFTSM T |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)