AT5G54270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : light-harvesting chlorophyll B-binding protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Lhcb3 protein is a component of the main light harvesting chlorophyll a/b-protein complex of Photosystem II (LHC II). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
light-harvesting chlorophyll B-binding protein 3 (LHCB3); FUNCTIONS IN: structural molecule activity; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: light-harvesting complex, thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyll A-B binding protein (InterPro:IPR001344); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem II light harvesting complex gene 2.1 (TAIR:AT2G05100.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22038424..22039383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28708.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 265 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASTFTSSSS VLTPTTFLGQ TKASSFNPLR DVVSLGSPKY TMGNDLWYGP DRVKYLGPFS VQTPSYLTGE FPGDYGWDTA GLSADPEAFA KNRALEVIHG 101: RWAMLGAFGC ITPEVLQKWV RVDFKEPVWF KAGSQIFSEG GLDYLGNPNL VHAQSILAVL GFQVILMGLV EGFRINGLDG VGEGNDLYPG GQYFDPLGLA 201: DDPVTFAELK VKEIKNGRLA MFSMFGFFVQ AIVTGKGPLE NLLDHLDNPV ANNAWAFATK FAPGA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)