AT5G51120.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.955 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : polyadenylate-binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homolog of the protein PABN1, a polyadenylation factor subunit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
polyadenylate-binding protein 1 (PABN1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT5G65260.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:20779760..20781241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30303.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 265 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPVHDEQEHE VYGGEIPEEE EGEMDTEEYE EHGGEEGAAA GDEELEPGSS SRDLEDMKKR IKEIEEEAGA LREMQAKAEK DMGASQGLKL VLLIMILLWV 101: YILESFSESM NLSRNLLEFE YEKEIINSGV SAAEKEEVDS RSIYVGNVDY ACTPEEVQQH FQSCGTVNRV TILTDKFGQP KGFAYVEFVE VEAVQNSLIL 201: NESELHGRQI KVSAKRTNVP GMRQFRGRGR PFRPMRGFMP GVPFYPPYAY GRVPRFRRPM RYRPY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)