AT5G50530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.815 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: male gametophyte, cultured cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Octicosapeptide/Phox/Bem1p (InterPro:IPR000270), Cystathionine beta-synthase, core (InterPro:IPR000644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein (TAIR:AT5G50640.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:20571876..20574922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59815.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 548 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANQGGPSRK SLSFSGHSFQ GRKKASENEG GGGGGSDLLP RRSLTSSRSS ISLSGERSGE RTVKRLRLCK ALTVPDSTTL FEACRRMAAR RVDALLLTDS 101: NALLCGILTD RDIATKVIAK QLNLEETPVS KVMTKNPVFV LSDTIAVEAL QKMVQGKFRH LPVVENGEVI ALLDIAKCLY DAIARMERSV EKGKAIAAAV 201: EGVEKNWGTS IAGPNTFMET LRERIFKPSL STIIPENTKV LKVGLDETVL GVTMKMVEYQ SSAAMVMVEN KLVGILTSKD ILMRVISQNL PQETTTVEKV 301: MTPNPESATV DMAIVEALHI MHNGKFLHLP VLDKDGDVVA VIDVIHITHA AVTTAGSTAG INNETANSMM QKFWDSAMAL SPNEDGDETR SEEESMKLSS 401: EIEVTKSFSY PNTFAFKLQD KKGRMHRFMC ETQSLTTLIT AILQRMGDDI EPDNLPQIMY EDEDNDKVVL ASDNDLGAAV EHAKSIGWKG LKLHLDYTEE 501: RGHRRGLSSE DMDYDQSNSW AAAYKTVAAG AALAAGLGVL VYLKRNSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)