AT5G50250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast RNA-binding protein 31B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a RNA binding protein. A substrate of the type III effector HopU1 (mono-ADP-ribosyltransferase). Supports editing of specific CP31A-dependent sites. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast RNA-binding protein 31B (CP31B); FUNCTIONS IN: RNA binding, poly(U) RNA binding; INVOLVED IN: RNA modification, innate immune response; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 31-kDa RNA binding protein (TAIR:AT4G24770.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:20452677..20453965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31871.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSSVLTPSL KLLAMTNSSS STLFCIPSIF NISSSESHRF NFSLSSRPVN LTLSLKSKTL RNSSPVVTFV SQTSNWAEEE EGEDGSIGGT SVTVDESFES 101: EDGVGFPEPP EEAKLFVGNL PYDVDSQALA MLFEQAGTVE ISEVIYNRDT DQSRGFGFVT MSTVEEAEKA VEKFNSFEVN GRRLTVNRAA PRGSRPERQP 201: RVYDAAFRIY VGNLPWDVDS GRLERLFSEH GKVVDARVVS DRETGRSRGF GFVQMSNENE VNVAIAALDG QNLEGRAIKV NVAEERTRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)