AT5G49310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : importin alpha isoform 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative importin alpha isoform. When overexpressed can rescue the impa-4 decreased transformation susceptibility phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
importin alpha isoform 5 (IMPA-5); FUNCTIONS IN: protein transporter activity, binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport, protein import into nucleus; LOCATED IN: nucleus, nuclear pore, cytoplasm; EXPRESSED IN: sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Importin-alpha-like, importin-beta-binding domain (InterPro:IPR002652), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: importin alpha isoform 1 (TAIR:AT3G06720.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19992016..19994516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58032.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 519 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLRPSTKTE IRRIRYKVSV DAEEGRRRRE DFLVEIRKSK RNENLMKKRR VKVLPPDYKL ISNDPFESLL EIANMITGVF SDDPSLQLEY TTRFRVVLSF 101: DRSPPTDNVI KSGVVPRFVE FLKKDDNPKL QFEAAWALTN IASGASEHTK VVIDHGVVPL FVQLLASPDD DVREQAIWGL GNVAGDSIQC RDFVLNSGAF 201: IPLLHQLNNH ATLSILRNAT WTLSNFFRGK PSPPFDLVKH VLPVLKRLVY SDDEQVLIDA CWALSNLSDA SNENIQSVIE AGVVPRLVEL LQHASPVVLV 301: PALRCIGNIV SGNSQQTHCV INCGVLPVLA DLLTQNHMRG IRREACWTIS NITAGLEEQI QSVIDANLIP SLVNLAQHAE FDIKKEAIWA ISNASVGGSP 401: NQIKYLVEQN CIKALCDILV CPDLRIILVS LGGLEMILIA GEVDKNLRDV NCYSQMIEDA EGLEKIENLQ HHGNNEIYEK AVKILQTYGL VEEDGRLVEE 501: EDEGGDGCSH PEFQFDFSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)