AT5G49240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pseudo-response regulator 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Response Regulator: Pseudo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pseudo-response regulator 4 (APRR4); FUNCTIONS IN: two-component response regulator activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, two-component signal transduction system (phosphorelay), regulation of transcription; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CheY-like (InterPro:IPR011006), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Signal transduction response regulator, receiver domain (InterPro:IPR001789), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: response regulator 2 (TAIR:AT4G16110.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19962934..19964351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33819.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 292 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQPLNMAEIL DHRGVLTDGD DGPFRNLTNF YDMFSSNFPE GLRVLVFDED PSYLLILERH LQKFQYQVTI CNEVNKAMHT LRNHRNRFDL AMIQVNNAEG 101: DIFRFLSEIG SEMDLPIIII SEDDSVKSVK KWMINGAADY LIKPIRPEDL RIVFKHLVKK MRERRSVVTG EAEKAAGEKS SSVGDSTIRN PNKSKRSSCL 201: EAEVNEEDRH DHNDRACASS AKKRRVVWDE ELHQNFLNAV DFLGLERAVP KKILDVMKVD YISRENVASH LQVTFLIYNI IVHFQQHFCF YS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)