AT5G48655.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to chitin; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT3G07200.2); Has 4604 Blast hits to 4589 proteins in 307 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2946; Fungi - 673; Plants - 438; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 527 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19731575..19732486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 22305.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 9.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 203 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNTSEVRVPR GNRRRKAVID LNAVPVDQEG TSASVRTLTV PITPSQPAPT MIDVDAIEDD VIESSASAFA EAKSKSRNAR RRPLMVDVES GGTTRFPANI 101: SNKRRRIPSS ESVIDCEHAS VNDEVNMSSR VSRSKAPAPP PEEPKFTCPI CMCPFTEEMS TKCGHIFCKG CIKMAISRQG KCPTCRKKVT AKELIRVFLP 201: TTR |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)