AT5G48070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase, expressed primarily in the stele of mature non-elongating regions of both the main and the lateral root. Is expressed in lateral root primordia but expression ceases after lateral root begins to grow. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 20 (XTH20); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds, xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, cellular glucan metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, apoplast; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.10 ten leaves visible, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Beta-glucanase (InterPro:IPR008264), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Glycoside hydrolase, family 16, active site (InterPro:IPR008263), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 18 (TAIR:AT4G30280.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19482158..19483231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32438.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSFCGRRFA FLIIFLFAAQ YERVYAGSFH KDVQIHWGDG RGKILDNVGN LLSLSLDKFS GSGFQSHQEF LYGKVEVQMK LVPGNSAGTV TTFYLKSPGT 101: TWDEIDFEFL GNISGHPYTL HTNVYTKGTG DKEQQFHLWF DPTVDFHTYC IIWNPQRVIF TIDGIPIREF KNSEALGVPF PKHQPMRLYA SLWEAEHWAT 201: RGGLEKTDWS KAPFTAFYRN YNVDACVWSN GKSSCSANSS WFTQVLDFKG KNRVKWAQRK YMVYNYCTDK KRFPQGAPPE CS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)