AT5G47000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peroxidase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peroxidase superfamily protein; FUNCTIONS IN: peroxidase activity, xylan 1,4-beta-xylosidase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, response to oxidative stress; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peroxidase superfamily protein (TAIR:AT4G17690.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19069171..19070175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37016.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNMQFSRGF NPFVILFCLA VVAPIISADV AILRTDYYQK TCPDFHKIVR EAVTTKQVQQ PTTAAGTLRL FFHDCFLEGC DASVLIATNS FNKAERDDDL 101: NDSLPGDAFD IVTRIKTALE LSCPGVVSCA DILAQATRDL VTMVGGPYFD VKLGRKDGFE SKAHKVRGNV PMANQTVPDI HGIFKKNGFS LREMVALSGA 201: HTIGFSHCKE FSDRLYGSRA DKEINPRFAA ALKDLCKNHT VDDTIAAFND VMTPGKFDNM YFKNLKRGLG LLASDHILIK DNSTKPFVDL YATNETAFFE 301: DFARAMEKLG TVGVKGDKDG EVRRRCDHFN NLNV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)