AT5G45150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNAse THREE-like protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNAse THREE-like protein 3 (RTL3); FUNCTIONS IN: double-stranded RNA binding, RNA binding, ribonuclease III activity; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: intracellular; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Double-stranded RNA-binding (InterPro:IPR001159), Double-stranded RNA-binding-like (InterPro:IPR014720), Ribonuclease III (InterPro:IPR000999); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNAse THREE-like protein 2 (TAIR:AT3G20420.1); Has 6508 Blast hits to 5064 proteins in 1836 species: Archae - 0; Bacteria - 4133; Metazoa - 528; Fungi - 225; Plants - 454; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 1154 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18260441..18264346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 108306.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 957 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSVEAVEKI LNYSFVNKTL LKEAITQKSP LFDRLEFFGD SILEVAFTNY ICHTYPNLKV KELRDLRTAN VSNEKFARIA VNHNLHHFLL LQNPSLFKKV 101: KNFAEAVRKE DDPVPYGGLV KAPKILADTL ESIAATVFID VNYDVKRLWE IFRSLLEPIY TPDDLLLQPK LPFLTLFRLA DKHGSESTSG IRKMTTSTKI 201: LLRNKDCLDV DLEDVKGKSF EICSTELFSL STVSENSLTD EMSQEEVVID EDSPNVEPED VKGKLFEICY TRKLQIQTGS SGNPLTYEMT TKQMVVDKDS 301: LHVEPVNGRG ELIEICTKNK WPRPIFSVQE EKGPKNEPKF VCSVKIEIPN IEGTFHMKGD IKSKKKQAEN SLAYHMIRAL ESSLVSLVIS NLQKPKSLDE 401: KNNPLLFSSE MDSSVEAVEK ILNYSFVNKT LLKELLTHNN SPLFQGLMFV GESALSLAFT KHLYLTYPML EPKDLSVLRD ANTCHDKYAC VAVKKGIYQS 501: FIGSVPKPEK MTTDFIELMG KEDDPYRVVK APKILVNLLA GVAGAVYIDV KYNVQRLLEI FRVLLEPIYT LDDLRMQLKQ PFLMLFRLAD KHGKQIDFRY 601: SKDGGSRKNI AQVYMDDMFI ASGCAKRIDT AKLLAAEEAI QKLSECMPIE KIIHQDNLDG EVIQTGSSSL LTAFENPLTE EMTQEQMVID EDSLDVEWKL 701: FETEELQIQT GSSSMSTVSE NPLPCEITPT KMVIGEVSPH VELEDVKGKS FEISSTETSS LPIAFENPLT NELTQEQMVI DENSPYVEPV DTKGKLFESC 801: SVESSSLPTT SENPSTYEMT TKQMVVDKDS PHVEPEDEKG KLFEICAKNK WPNPIFSVEE ERGQQNEQKI VCSVKIEIPN IEGTFHIKGD AKPTKKEAEN 901: SSADHMIRAL ESSVMSLVIT NLQMHENLDG KKKNLQMKES LNENKTLLHS TKRRRRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)