AT5G44480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.689 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
mutant has Altered lateral root; UDP Glucose Epimerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEFECTIVE UGE IN ROOT (DUR); FUNCTIONS IN: coenzyme binding, UDP-glucose 4-epimerase activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: galactose metabolic process, cellular metabolic process, nucleotide-sugar metabolic process, metabolic process; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), UDP-glucose 4-epimerase (InterPro:IPR005886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein (TAIR:AT4G20460.1); Has 43907 Blast hits to 43898 proteins in 2978 species: Archae - 781; Bacteria - 26377; Metazoa - 699; Fungi - 699; Plants - 1223; Viruses - 32; Other Eukaryotes - 14096 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17921515..17923643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48348.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 436 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLNSSGVRTQ RRSPRPLSLG GRKIITPTKF AYDHHNPDKV LDFVEMDCLE PKTKNNLTGK LLLVASLLIL AIIVISQSSS FTSPSAFSQR EEGVTHVLVT 101: GGAGYIGSHA ALRLLRDSYR VTIVDNLSRG NLGAVKTLQQ LFPQTGRLQF IYADLGDPLA VEKIFSENAF DAVMHFAAVA YVGESTLYPL KYYHNITSNT 201: LGVLEAMARH KVKKLIYSST CATYGEPEKM PITEDTPQVP INPYGKAKKM AEDMILDFSK NSDMAVMILR YFNVIGSDPG GRLGEAPRPE LREQGRISGA 301: CFDAARGFIP GLQVKGTDYK TSDGTCIRDY IDVTDLVDAH VKALEKAQPR KVGIYNVGTG KGRSVKEFVE ACKKATGVEI KVDFLPRRPG DYAEVYSDPT 401: KILKDLNWTA RFTNLQDSLQ VAWRWQKIHP HGYNSY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)