AT5G44090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.911 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-binding EF-hand family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Calcium-binding EF-hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcium-binding EF hand family protein (TAIR:AT1G03960.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17743264..17747909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62328.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 538 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIDGGNDVQ ILDPELLQLP GLSPVSLKEN PHIAEELFSQ WLSLPETGRL VKSLIDDTKS STPVSVSKNC TSLNVACGSA LPSVFLNSGT PPLSPRGSPG 101: SPRFSRQKTS PSLQSPLKSV REPKRQLIPQ FYFQHGRPPA KELREQCISM VDQFFSNYID GLHMDEFKSI TKEVCKLPSF LSSVLFRKID TSGTGIVTRD 201: AFIKYWVDGH MLAMDVASQI YNILRQPGCK YLRQADFKPV LDELLTTHPG LEFLRNTPEF QERYAETVIY RIFYYINRSG TGCITLRELK RGNLITAMQQ 301: VDEEDDINKV IRYFSYEHFY VIYCRFWELD GDHDFLIDKE NLIKYGNHAL TYRIVDRIFS QVPRKFTSKV EGKMSYEDFA YFILAEEDKS SEPSLEYWFK 401: CIDLDGDGVI TPNEMQFFYE EQLHRMECIT QEPVLFEDIL CQIFDMIKPE KENCITLQDL KASKLSGNIF NILFNLNKFM AFETRDPFLI RQERENPTLT 501: EWDRFAQREY VRLSMEEDVE EVSNGSADVW DEPLESPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)