AT5G43810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Stabilizer of iron transporter SufD / Polynucleotidyl transferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the EIF2C (elongation initiation factor 2c)/ Argonaute class of proteins. Required to establish the central-peripheral organization of the embryo apex. Along with WUS and CLV genes, controls the relative organization of central zone and peripheral zone cells in meristems. Acts in embryonic provascular tissue potentiating WUSCHEL function during meristem development in the embryo. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ZWILLE (ZLL); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Domain of unknown function DUF1785 (InterPro:IPR014811), Stem cell self-renewal protein Piwi (InterPro:IPR003165), Argonaute/Dicer protein, PAZ (InterPro:IPR003100), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Stabilizer of iron transporter SufD / Polynucleotidyl transferase (TAIR:AT1G48410.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17611939..17616562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 110874.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 988 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPIRQMKDSS ETHLVIKTQP LKHHNPKTVQ NGKIPPPSPS PVTVTTPATV TQSQASSPSP PSKNRSRRRN RGGRKSDQGD VCMRPSSRPR KPPPPSQTTS 101: SAVSVATAGE IVAVNHQMQM GVRKNSNFAP RPGFGTLGTK CIVKANHFLA DLPTKDLNQY DVTITPEVSS KSVNRAIIAE LVRLYKESDL GRRLPAYDGR 201: KSLYTAGELP FTWKEFSVKI VDEDDGIING PKRERSYKVA IKFVARANMH HLGEFLAGKR ADCPQEAVQI LDIVLRELSV KRFCPVGRSF FSPDIKTPQR 301: LGEGLESWCG FYQSIRPTQM GLSLNIDMAS AAFIEPLPVI EFVAQLLGKD VLSKPLSDSD RVKIKKGLRG VKVEVTHRAN VRRKYRVAGL TTQPTRELMF 401: PVDENCTMKS VIEYFQEMYG FTIQHTHLPC LQVGNQKKAS YLPMEACKIV EGQRYTKRLN EKQITALLKV TCQRPRDREN DILRTVQHNA YDQDPYAKEF 501: GMNISEKLAS VEARILPAPW LKYHENGKEK DCLPQVGQWN MMNKKMINGM TVSRWACVNF SRSVQENVAR GFCNELGQMC EVSGMEFNPE PVIPIYSARP 601: DQVEKALKHV YHTSMNKTKG KELELLLAIL PDNNGSLYGD LKRICETELG LISQCCLTKH VFKISKQYLA NVSLKINVKM GGRNTVLVDA ISCRIPLVSD 701: IPTIIFGADV THPENGEESS PSIAAVVASQ DWPEVTKYAG LVCAQAHRQE LIQDLYKTWQ DPVRGTVSGG MIRDLLISFR KATGQKPLRI IFYRDGVSEG 801: QFYQVLLYEL DAIRKACASL EPNYQPPVTF IVVQKRHHTR LFANNHRDKN STDRSGNILP GTVVDTKICH PTEFDFYLCS HAGIQGTSRP AHYHVLWDEN 901: NFTADGIQSL TNNLCYTYAR CTRSVSIVPP AYYAHLAAFR ARFYLEPEIM QDNGSPGKKN TKTTTVGDVG VKPLPALKEN VKRVMFYC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)