AT5G43530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Helicase protein with RING/U-box domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Helicase protein with RING/U-box domain; FUNCTIONS IN: in 6 functions; LOCATED IN: chloroplast envelope; EXPRESSED IN: shoot apex, embryo, male gametophyte, flower, seed; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021), HIP116, Rad5p N-terminal (InterPro:IPR014905), SNF2-related (InterPro:IPR000330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA/RNA helicase protein (TAIR:AT5G22750.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17489327..17494830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 144341.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1277 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAIVDDAEMR LTESEAVSSS DDRKIVADTP DFIDESSLVI RTTTGVRISA LPAEQSLVDS DGSNSEVTLP AKDEVISDGF TCVNKEIVES DSFREQNLEI 0101: GEPDLDVENR KEAMIIDSIE NSVVEIVSSA SGDDCNVKVE VVEPELLVEN LVVAKEEEEM IVDSIEDSVV EIVSTASGCD CNVKVEVVDP ELCVDNLVVV 0201: KEEEMIADSI AESVVETVSR GLDYECVDVK VKEEPDLGTK LEEDSVFPNV LEKKDEVIKV LEDQPSEINK KLEQENDDLF SSGDSDGTSA KRRKMEMESY 0301: APVGVESCIL APTPLRVVKP EKLDTPEVID LESEKSYTHV KMEPVEEIKV EAVKMSSQVE DVKFSREQKS VYVKKEPVGA RKVKVEDGDF PVEKDWYLVG 0401: RSLVTATSTS KGRKLEDNEI VNFTFSSVAK WKVPNIVRFS TKRCGEIGRL PMEWSNWAVS LLRSGKVKML GRCVAAPPFL TMMQEIMLYV SFYIHSSIFT 0501: DVSKSTWRIG SSPNLESTLH PLLQLFKHLT IKPYQKAEFT PEELNSRKRS LNLEDDYDER AALLAIAKRR KGCQQSLEQN KDEEEAPESY MNRVVGAADS 0601: YNLEEMEAPS TLTCNLRPYQ KQALYWMSES EKGIDVEKAA ETLHPCWEAY RICDERAPSI YLNIFSGEAT IQFPTATQMA RGGILADAMG LGKTVMTIAL 0701: ILARPGRGNP ENEDVLVADV NADKRNRKEI HMALTTVKAK GGTLIICPMA LLSQWKDELE THSKPDTVSV LVYYGGDRTH DAKAIASHDV VLTTYGVLTS 0801: AYKQDMANSI FHRIDWYRIV LDEAHTIKSW KTQAAKATFE LSSHCRWCLT GTPLQNKLED LYSLLCFLHV EPWCNWAWWS KLIQKPYENG DPRGLKLIKA 0901: ILRPLMLRRT KETRDKEGSL ILELPPTDVQ VIECEQSEAE RDFYTALFKR SKVQFDQFVA QGKVLHNYAN ILELLLRLRQ CCNHPFLVMS RADSQQYADL 1001: DSLARRFLDN NPDSVSQNAP SRAYIEEVIQ DLRDGNSKEC PICLESADDP VLTPCAHRMC RECLLTSWRS PSCGLCPICR TILKRTELIS CPTDSIFRVD 1101: VVKNWKESSK VSELLKCLEK IKKSGSGEKS IVFSQWTSFL DLLEIPLRRR GFEFLRFDGK LAQKGREKVL KEFNETKQKT ILLMSLKAGG VGLNLTAASS 1201: VFLMDPWWNP AVEEQAIMRI HRIGQKRTVF VRRFIVKDTV EERMQQVQAR KQRMIAGALT DEEVRSARLE ELKMLFR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)