AT5G42230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.975 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 41 (scpl41); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 42 (TAIR:AT5G42240.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16881749..16883917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52543.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 469 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIVSLRDVA MVMVTVQVFA RGYPETDLVV RLPGQPKVVF RQYAGYVDLD LNAGRSLFYY FVEAEKHPDT KPLTLWLNGG PGCSSVGGGA FTELGPFYPT 101: GYGRGLRINS MSWNKASNLL FVDSPAGVGW SYSNRSSDYN AGDKSAASDM LVFLLRWFDK FPELKSHDLF LTGESYAGHY IPQLADAILS YNSRSSGFKF 201: NIKGIAIGNP LLKLDRDIPA VYEFFWSHGM ISEVVGRTIK IQCDFSHYTY AYPHNVSDAC NDAIREAGDI TTEYVNTFDV LPDLCYPSIA LQELRLKQMA 301: TKMSMGVDVC MNYERQFYLN IPEVQMALHA NRTNLPYSWS LCSNLLNYSA IDVNTNMLPT LKRIIQNKIP VRIFSGDQDS VVPFLGTRTI VGELANDLNF 401: KTTVPYGVWF HKRQVGGWAI EYGNLLTFAT VRGAAHAVAY TQPSRALHLF STFLRGQRLP NKTDIAMHD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)