AT5G42040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : regulatory particle non-ATPase 12B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
regulatory particle non-ATPase 12B (RPN12b); FUNCTIONS IN: peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: proteasome regulatory particle; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: COP9 signalosome, subunit CSN8 (InterPro:IPR019280), 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 (InterPro:IPR006746); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: regulatory particle non-ATPase 12A (TAIR:AT1G64520.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16813835..16814749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26733.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPQLMEVSQ QFERFKAAFI IKDFDTCSSL LSQLKLFDHY LISLSLNALL LLTCALFFLC TRNRIPPSPQ ENLIMGLNLL RLLVQNRIAE FHTELGLLSS 101: ATLENPCIKH AVELEQSFME GAYNRVLSAR QTAPDETYVY FMDLLAKTIR DEIAGCSEKA YDHLSISEGC KMLLFSSDQQ LLTYVNEEHP EWEVKDGLVV 201: FQKTRETAPC KEIPSLQLIN QTLSYTRELE RIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)